创新创业学院现设有综合办公室、创新创业教育教研室、创新创业实践教研室、张家界校区创新创业教育综合教研室及创新创业成果转化中心五个内设机构。

· 综合办公室：协助院领导维护全院师生的学习、工作和生活秩序，组织安排会议，负责日常行政事务，做好文件收发、档案整理、宣传及对外联系工作等。

· 创新创业教育教研室：负责创新创业教育课程体系建设，开展教学研讨和专题研究，承担全校通识教育必修课程的教学工作，并组织建设通识教育选修课程和辅修课程。

· 创新创业实践教研室：负责学校大学生创新创业孵化基地、众创空间的建设与管理，开拓校外大学生创新创业实践基地，组织学生参加各级各类创新创业竞赛，管理校级及以上创新创业类项目，并组织面向全校学生的创业讲座、创业论坛等活动。

· 张家界校区创新创业教育综合教研室：具体负责张家界校区的创新创业教育工作，职责同创新创业教育教研室和创新创业实践教研室工作职责。

· 创新创业成果转化中心：负责创新创业基金的筹集、使用和管理，搭建成果转化平台，提供成果转化培训指导以及组织成果转化，并负责创业孵化项目的遴选、培育和管理工作。